郑洛新国家自主创新示范区是河南省实施创新驱动发展战略的重要举措，而目前示范区的协同发展进展较慢，因此有必要探寻示范区协同创新发展运行机制。为促进示范区协同创新能力的提升，本文通过调研访谈和调查问卷的方式对郑洛新协同创新发展现状进行分析，研究了郑洛新国家自主创新示范区的协同创新运行机制，以期为示范区协同创新发展能力的提升提供一定的有益参考。研究发现，郑洛新国家自主创新示范区应从产业技术创新链构建机制、产创资协同创新机制、协同创新保障机制、创新协调控制机制四个协同创新运行机制着手提升示范区的协同创新能力。

本文在探讨郑洛新区域创新与城市化之间耦合机理的基础上，进一步构建了区域创新与城市化综合发展水平评价模型，选取三个城市2012～2016年相关指标数据，利用耦合协调度公式，计算出三地市区域创新与城市化的耦合度和耦合协调度。研究发现，郑洛新三个城市区域创新和城市化发展水平在这五年间呈现上升趋势，其中在区域创新方面，郑洛新三个城市发展水平之间梯度明显；在城市化水平方面，郑州位居第一，洛阳和新乡两市城市化水平接近；在区域创新和城市化耦合协调方面，郑州处于高度耦合协调阶段，洛阳和新乡耦合协调指数接近，均处于中度耦合协调阶段，据此对郑洛新国家自主创新示范区的建设方向提供相关建议。

创新生态环境是各创新主体协同发展、共存共赢的基础，对提升区域创新绩效和实现可持续发展有积极作用。本文以郑洛新三市2017年工作总结为数据基础，通过问卷调查、调研访谈等方式，从政策、人才、文化、服务和基础环境五个方面对郑洛新国家自主创新示范区创新生态环境建设情况进行了系统评价分析，探讨了郑洛新国家自主创新示范区创新生态环境建设存在的问题，提出了郑洛新国家自主创新示范区建设并优化创新生态环境的对策建议。研究发现，郑洛新国家自主创新示范区创新生态环境还不完善，存在创新网络不成熟、企业发展进程受制约、人才文化建设不完善等问题。为建设并优化郑洛新国家自主创新示范区创新生态环境，各创新主体应积极合作创新，政府应深化角色转变，完善区域创新网络等。