2020年新冠肺炎疫情对各级各类医疗卫生服务机构产生极大冲击，在冲击中基层的财政补偿水平保持稳定增长趋势、医疗业务收入经历了疫情发生后第一年的无增长到第二年的快速增长和恢复；基层卫生服务机构的人员经费支出水平稳步提高，人员数量增长、人员执业资质提高，均未受到负面影响；疫情发生后基层门诊服务量短暂下落后开始恢复，但住院服务量持续下降；基层医疗卫生机构承担基本公共卫生服务项目和疫情防控相关工作，公共卫生支出占比增长明显；基层机构经济运行普遍处于收支负盈余状态。疫情发生后加强基层医疗卫生体系建设需要借助卫生体系多层次改革带动基层机构医疗服务能力提高，建立财政补助投入的长效机制；基层医疗卫生机构经济运行的恢复，需要支持和鼓励基层医疗卫生机构创新升级服务内容和拓宽筹资渠道，同时加强基层医疗卫生机构成本控制的意识和能力，推进财政和医保经费统筹使用以提高资金使用效率。