区域发展不平衡是我国边疆少数民族地区民族文化保护的重要阻力之一，财政补偿制度是解决区域发展不平衡问题的重要措施。对民族生态文化保护的财政补偿，是我国建设国家公园、探索促进生态文化保护和区域发展相协调的新方向。在法学理论上，不同区域、不同民族应当享有公平、平等的发展权，同时各民族享有民族文化发展与传承的权利，面对区域发展不平衡中的民族文化保护与发展问题，尤其是生态文化保护问题，政府应当积极回应予以解决。以经济法的财政补偿制度促进区域民族文化发展权的平衡，给予生态保护地区民族文化发展以倾斜性的财政补偿，在保护民族生态文化的同时，带动区域全面发展，促进区域内民族发展、文化保护、生态与经济的协调可持续发展，是我国解决边疆地区民族文化保护问题的必经之路。本文以西双版纳为研究点进行分析，是基于该地区区域民族生态文化保护的现状、国家对国家公园的远景规划，以及当地地区发展不平衡这一问题。希望能够通过对生态文化保护财政补偿制度的研究，为解决以上问题提供新的思路。