跨域治理研究是治理理论的一个重要分支，但这一理论在中国的适用性仍然有待考察。本文简要梳理了跨域治理理论的相关文献，包括跨域治理的概念界定与分类、跨域治理与治理的异同之处，以及跨域治理的理论发展趋势等。基于此，本文以跨域水污染治理为例，在总结中国跨域水污染治理研究的经验基础上，指出了中西方体制上的若干方面差异削弱了跨域治理在中国的应用价值：（1）跨域治理主体的自主权差异；（2）地方政府职能差异；（3）中央政府在跨域治理中的角色差异；（4）公众和非政府组织协商能力的差异。本文建议，跨域治理研究应当认识到这些体制差异因素，对跨域治理理论进行“中国化”改进。