高校教育基金会能为高校发展提供重要的财政支持，但也面临本身自治和自创能力不足的质疑。本文基于我国88例样本数据的研究发现，组织依附、理事会虚设、执行层的非专业性以及监事会缺位等是我国高校教育基金会内部治理面临的主要困境，而管理体制、资源环境以及发起人特质是导致困境产生的根本性因素。在现有管理体制下，高校教育基金会可通过优化理事会的设置、提升监事会的独立性和专业性以及推进执行层的职业化和专业化，来突破资源环境和发起人特质的约束，在基金会内部形成分权制衡的法人治理体系，增强基金会的独立性，进而提高基金会的自治和自创能力。