鼠疫代表人类历史上可以想象到的最严重的瘟疫，也是有文献记载的最早的大流行（Pandemic）疾病。鼠疫在中世纪有两次大暴发。第一次是542年发生的查士丁尼瘟疫，杀死了无数的欧洲大陆人。第二次是始于1347年的大流行，它多次袭击欧洲社会，一直持续到16世纪晚期。鼠疫是人类历史上最具破坏性的流行病，它袭击了从西太平洋沿岸到大西洋沿岸的广大地区，导致了数以亿计的人口死亡。其中1347～1350年的第一波大瘟疫被后人称为黑死病，它在欧洲导致了1/3以上或2500万人以上的人口死亡，是人类历史上最可怕的一波瘟疫。鼠疫是一种主要在啮齿动物种群中发现的人畜共患传染病，它通过鼠蚤叮咬或摄入受污染的动物组织传播给个体成员，是由鼠疫耶尔森菌（Yersinia Pestis）所致的烈性传染病。目前，科学研究已经发现73类200种哺乳动物自然感染鼠疫耶尔森菌。在世界范围内，黑家鼠（Black Rat/Rattus Rattus）和褐家鼠（Brown Rat/Rattus Norvegicus）被认为是鼠疫耶尔森菌的共同宿主。东方鼠蚤（Xenopsylla Cheopis）是最常见的传播媒介，也是黑死病的主要传播者。除了东方鼠蚤外，还有30多种跳蚤是鼠疫耶尔森菌的带菌者。当跳蚤叮咬受感染的啮齿动物，吸食了它们的血液后又叮咬了另一个未受感染的啮齿动物，一次传染就完成了。这种类型的传播称为野生鼠疫（Sylvatic Plague）传播。具有野生鼠疫稳定周期的啮齿动物种群病被称为地方性动物病。然而，感染的过程也可能造成家畜流行病。一只老鼠能为三到五只跳蚤提供寄生。黑家鼠通常会在感染后5天内死亡。受感染的啮齿动物死亡后，鼠疫蚤会存活80天。当鼠疫在一个地区流行时，结果可能是该地区整个啮齿动物种群被消灭。此时，携带鼠疫的跳蚤就会寻找新的宿主，而在这个过程中，人类被卷入其中。人类本身在鼠疫的自然循环中并没有起任何作用，但可能会接触到家养的动物如猫、狗等身上受感染的跳蚤，或者接触受感染动物的体液，从而参与到鼠疫的传播中去。在西方历史上，查士丁尼瘟疫和黑死病是最严重的两次鼠疫流行。