苏联的解体宣布了“二战”后确立的雅尔塔体系的崩溃，冷战的结束使得中苏对抗时边境地区陈兵百万的形式不复存在。苏联部署在中亚地区的庞大军事集群随着苏联的解体和中亚国家的独立而土崩瓦解，从国家边界安全的角度而言，这极大地减少了中国在西北方向长期面临的军事安全压力。当然，中亚国家在独立后也纷纷组建自己的军队，但由于其整体实力较弱以及其独立后所奉行的防御性军事安全战略，使得其在军事上很难对中国形成直接的军事威胁，中国的边界安全系数较苏联时期有了很大的提升。特别是1996年《关于边境地区加强军事领域信任的协定》和1997年《关于在边境地区相互裁减军事力量的协定》的签署，使得中亚国家与中国双边军事政治关系得到了进一步的改善。中国与哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦和俄罗斯之间历史上遗留下来的边界问题也经过多次谈判、平等协商得到了彻底解决。但是，独立后的中亚五国中有三个国家与中国直接接壤，边界线长达3000多公里，占据了整个中国陆地边界的1/7。与此同时，这五个国家在民族、宗教、文化、语言、风俗习惯上与中国新疆的少数民族极为相似，甚至存在着同宗同源的联系。地理上的地缘相依、民族宗教上的同宗同源，使得这五个国家的政治剧变、安全格局都有可能对中国新疆产生牵一发而动全身的影响。中亚五国独立后，世界主要大国和地区强国争相向中亚地区加强渗透，尤其是中亚地区各民族、宗教复杂的分布和发展态势，已经融入了当今国际政治民族主义和宗教复兴的激流热浪之中，在地缘政治和民族宗教因素的作用下，中亚地区的民族问题对中国新疆的社会稳定和经济发展造成了不容忽视的冲击，并对中国新疆的长治久安产生广泛而深远的影响。