非营利机构与企业管理的最大区别莫过于对人及对人际关系的管理。首先，非营利机构从事的是社会公益事业，需要得到广大社区的众多利益相关者的支持，它的董事会往往要比公司董事会承担更为广泛的支持性职能。其次，非营利机构没有所有者（业主）或股东，它的董事会缺乏公司董事会所受到的来自股东的监督和压力，因此必须具备更显著的问责性。再次，非营利机构的员工工作时并不完全受金钱的驱动，他们希望为自己感兴趣的公益事业作出贡献，希望清楚地知道自己工作的社会价值所在，从中获得金钱所无法换取的成就感和满足感，否则他们就容易产生孤立感和抵触情绪。商业公司员工虽然也会有这方面的需求，但是在非营利部门中表现得更为强烈。最后，非营利机构还有商业公司所无需“管理”的群体——志愿者。国有国法家有家规，对人的管理需要通过建章立制来实施，即建立非营利机构内部的治理结构。规章制度限定非营利机构不同组成部分的权利，并规范它们之间的关系。这种安排决定机构为谁服务，由谁控制，风险和责任在管理层、员工和其他利益相关者之间怎样分担，以及机构最高领导班子怎样构架，怎样决策。一套完善的制度可以创造一种自我更新、自我纠正的机制，它能够促进权力制衡、决策科学，保证董事会、执行总监、员工以及整个机构的问责性。
近年来，公司治理（corporate governance）得到了世界各国的广泛关注。