近代科学的程序逻辑在社会学中的应用，指其在实证社会学流派中的应用。社会学界在对比实证流派与人文流派时，认为实证流派的一个优点是它总结出一套研究的程序。这套程序其实就是我们已经论述过的近代科学的程序在社会学中的应用。实证社会学的这套程序与近代科学的程序没有太大的区别。程序本身是社会学家或者方法论者归整出来的，它与不同的作具体研究（无论理论或经验研究）的人实际操作的程序有一定的差别。一般地说，这个差别通常是部分与整体的关系，即，具体研究者是从整个程序的哪个环节为起点并不惟一确定，由于是“科学环”，它可以从任一点开始，而且在走过一段后在某一环节暂时终止。但是在迄今为止的社会学史上，实证流派的研究并未严格按后人总结的这套“科学环”运作，这表现在具体案例在不同层次的问题上的复杂性。复杂性在这里包括：社会学迄今为止很少有边界条件明晰、阐述与应用对象清楚、表述严格规范的理论规律和经验规律，大量的前人论述都没能整理出“规律性”陈述，即使有人在某一领域整理出少量稍微像样的东西，后人又很少有人继续在这个方面或者在此基础上发现更普遍的东西，造成社会学知识的不规范以及积累性差的特点；即使现在人们知道实证社会学的相对规范的程式，但对这套程式的逻辑知之不透，能结合自然科学理解这套程式背后更重要的逻辑问题的人并不多。这在一定程度上形成了即使是实证流派，具体的研究模式、逻辑、特点不同的状况。人们基于各自的社会学方法论在做着不同的努力，力图开创新的局面。