方正发展的历史过程充满了各种象征的创造和运用，这些象征在塑造方正形象和品牌，甚至对方正得到各方面支持都发挥了关键作用，但同时，方正的发展也充满了冲突和争斗。公司的多次震荡在很多情况下是同研究所联系在一起的，因此，要洞悉方正发展过程，揭开方正发展与动荡之谜，公司与研究所之间的关系是核心线索。公司与研究所（后来的研究院）之间的矛盾冲突可分为两个时期：研究所与公司各自独立时期；研究所并入公司，并以此为基础成立方正研究院的时期。前一时期公司与研究所之间的冲突同公司内部领导人之间的竞争和冲突连在一起；而后一时期的冲突则直接表现为决策层冲突，即公司的核心人物和研究院核心人物之间的冲突，也就是张玉峰和王选之间的冲突。两个时期各爆发了两次冲突，而其中最后一次冲突尤为严重。