三亚回族在清朝被纳入大一统的国家体系中，向琼州府崖州县完粮纳税。三亚回族“正堂禁碑”的碑文记载了因为渔业税分摊不均而引发的争议。虽曾为“番坊”，但三亚回族也有与其他大清臣民相同的地位，在官司诉讼中维护了自己的权利。同时，清朝在西北苏四十三回民起义后采取的政策也对三亚回族产生了影响，最著名的是“海富润携带经书案”，已经有学者对此事件的来龙去脉进行了详尽的考证（马汝珩，1992）。海富润是三亚回族知识分子，乾隆年间前往内地游学，游历至广西始被清兵盘查，查抄出携带阿拉伯文的宗教典籍，在刚刚平定苏四十三回民起义的清朝统治者认为这属于“别有用心”，于是将海富润下狱，且株连甚广。