华中村治研究在21世纪之初转向对转型期乡村社会性质的研究，也就是乡村治理的社会基础研究。该研究试图通过对全国不同区域农村进行深入调研，来了解当前中国乡村社会的状况及其区域差异，从而理解法律、政策和制度进入不同乡村社会的过程、机制及其后果，并力图透过自上而下、自外向内的政策、法律和制度对乡村社会的进入差异来理解乡村社会本身，进而去探讨法律、政策和制度制定的问题。这样，其研究就进入了专题研究和区域比较的操作化阶段。2005年以后，华中村治研究将学术精力更多地倾注于动态的整体社会变迁。这样，传统社会学的经典命题，诸如代际关系、婚姻家庭、亲属制度、私人生活、夫妻关系、情感、纠纷、人情、公共空间、自杀等也就进入了研究视域，新话题如上访、土地制度、阶层分化、征地拆迁、农业经济等不断涌现。