1906年7月，张荫棠结束在印度“与英国议约全权大臣”之职，以查办大臣身份入藏办事。在藏11个月期间，他参劾贪吏、建章立制、推行新政，民气为之一振。张荫棠西藏新政被视为清末治藏史上少有的亮点，细察张荫棠的奏稿，不难发现他的政治理念和政策举措，与此前清朝二百多年的治藏政策相比已经发生了巨大变化：他不再满足于通过噶厦政府实施间接的羁縻控制，而强调“收回政权”由中央进行直接管理；不再推崇宗教（包括宗教领袖）的崇高地位，转而批判宗教的虚妄和对社会的消极影响，主张政教分离；不再奉行“因俗而治”之策，而是期望通过民俗改良、学校教育等方式输送儒家文化，以期实现藏族文化与内地文化的同质化；等等。把这些变化仅仅看成边疆危机加剧背景下在管理力度、方式等层面的变化或疆吏个人的励精图治，并不完全准确。要理解、解释这些变化就必须将其放置于清末新政寻求国家整体性变革的总体框架之中。